Pomieszczenia znajdują się w muzealnej wieży. Można się do nich dostać za pośrednictwem panoramicznych wind, z których widać historyczną część miasta. Atutem sal jest możliwość ustawienia różnych konfiguracji stołów i krzeseł.
Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku to nie tylko bastion pamięci historycznej, ale również aktywna przestrzeń publiczna, miejsce spotkań i dyskusji, która integruje społeczność.